Một cuộc bầu cử tổng thống và tổng tuyển cử được tổ chức ngày 27 tháng 11 năm 2005. Manuel Zelaya thuộc Đảng Tự do Honduras (Partido Liberal de Honduras: PLH) chiến thắng, Porfirio Pepe Lobo của Đảng Quốc gia Honduras (Partido Nacional de Honduras: PNH) đứng thứ hai. PNH không công nhận các kết quả bầu cử và Lobo Sosa chỉ chịu nhường bước vào ngày 7 tháng 12. Tới cuối tháng 12, chính phủ cuối cùng đã công bố kết quả tổng kiểm phiếu, trao cho Zelaya thắng lợi chính thức. Zelaya trở thành tổng thống mới của Honduras ngày 27 tháng 1 năm 2006.

Honduras có năm đảng chính trị đăng ký chính thức: PNH, PLH, phe Dân chủ Xã hội (Partido Innovación Nacional y Social Demócrata: PINU-SD), Dân chủ Thiên chúa giáo (Partido Demócrata-Cristiano: DC), và Dân chủ Thống nhất (Partido Unificación Democrática: UD). PNH và PLH đã cầm quyền đất nước trong nhiều thập kỷ. Những năm vừa qua, Honduras đã có năm vị tổng thống thuộc phái Tự do: Roberto Suazo Córdova, José Azcona del Hoyo, Carlos Roberto Reina, Carlos Roberto Flores và Manuel Zelaya, và hai người theo phe Quốc gia: Rafael Leonardo Callejas Romero và Ricardo Maduro. Cuộc bầu cử đã gây ra nhiều tranh cãi, gồm cả vấn đề về việc Azcona sinh ra tại Honduras hay Tây Ban Nha, hay Maduro đúng ra phải khai báo nơi sinh tại Panama.

Năm 1963 một cuộc đảo chính quân sự chống lại tổng thống bầu cử dân chủ Villegas Morales diễn ra và một hội đồng quân sự được thành lập để lãnh đạo đất nước mà không tổ chức một cuộc bầu cử nào cho tới tận năm 1981 với nhiều người lãnh đạo khác nhau. Cùng trong năm này Suazo Córdova (LPH) được bầu làm tổng thống Honduras chuyển từ chế độ cầm quyền quân sự sang bầu cử dân chủ.

Năm 1986, Azcona del Hoyo được bầu thông qua "Phương án B," khi Azcona không có được đa số phiếu bầu. Tuy nhiên, năm ứng cử viên Tự do và bốn ứng cử viên Quốc gia đều cùng tham gia vào cuộc bầu tổng thống, và "Phương án B" đòi hỏi mọi phiếu bầu từ mọi ứng cử viên thuộc cùng một đảng đều phải được tính dồn chung. Azcona sau đó lên làm tổng thống. Năm 1990, Callejas thắng cử với khẩu hiệu "Llegó el momento del Cambio," (Thời gian cho sự Thay đổi đã đến), vốn bị chỉ trích nặng nề vì mang hơi hướng chiến dịch chính trị "ARENAs" của El Salvador. Callejas Romero nổi tiếng vì làm giàu bất hợp pháp. Callejas từng là đối tượng của nhiều vụ scandal và lời buộc tội trong hai thập kỷ sau. Năm 1998, dưới thời cầm quyền của Flores Facusse, Bão Mitch ập vào trong nước và mọi chỉ số phát triển kinh tế đã bị thụt lùi chỉ sau 5 ngày.

Năm 2004 các cuộc bầu cử được tổ chức riêng biệt cho chức vụ thị trưởng, nghị viện và tổng thống. Con số ứng cử viên cho cuộc bầu cử tổng thống năm 2005 tăng cao hơn trước.

Các đảng Quốc gia và Tự do đều là các đảng chính trị riêng biệt với đội ngũ ủng hộ và đảng viên riêng biệt, nhưng một số người đã chỉ ra rằng lợi ích và các chính sách của họ trong suốt 23 năm ngắt quãng của nền dân chủ rất giống nhau. Chúng thường được cho là chỉ phục vụ cho lợi ích riêng của đảng viên, đảng viên có được việc làm khi đảng của mình chiến thắng, và mất việc khi đảng thất cử. Cả hai phe đều được cho là theo đuôi tầng lớp lãnh đạo xã hội, những người sở hữu hầu như mọi tài sản quốc gia, và không phe nào thực thi các lý tưởng xã hội, thậm chí theo nhiều cách Honduras được điều hành như kiểu một quốc gia xã hội chủ nghĩa kiểu cũ, với việc kiểm soát giá cả và quốc hữu hóa ngành điện cũng như các dịch vụ viễn thông.

Tuy nhiên, bộ máy của tổng thống Maduro đã "bỏ quốc hữu hoá" lĩnh vực viễn thông trong một động thái nhằm đầy nhanh sự phát triển của nó trong cộng đồng dân cư. Tới tháng 11 năm 2005, có khoảng 10 công ty viễn thông tư nhân hoạt động trên thị trường Honduras, trong đó có hai công ty điện thoại di động.